MS A tömegspektrometria (mass spectrometry) számos kapcsolt technika alkotóeleme. Legnagyobb előnye a kiváló érzékenység, akár 10-15 g anyag is mérhető vele. A bejutó molekulákat valamilyen módon ionizáljuk, majd az analizátor segítségével tömeg/töltés (m/z)‑arány szerint választjuk szét. Az ionokat ezután elektronokká alakítjuk, és fotoelektron-sokszorozó segítségével detektáljuk. A különböző (m/z)‑értékeknél vizsgálva a jel intenzitását, kapjuk a tömegspektrumot. A fragmentáció nem véletlenszerű, emiatt a tömegspektrum spektrumkönyvtárakkal való összehasonlítás alapján minőségi azonosításra alkalmas. Szintén fontos alkalmazási terület a nagyfelbontású repülésiidő-analizátor használata, melynek segítségével olyan pontosan mérhetjük meg a molekulatömeget, hogy abból az elemi összetételre következtethetünk. Az adott feladatnak megfelelően mind a mintabevitel, mind az ionizációs technika, mind az analizátortípus változtatható. Fontosabb ionizációs technikák: - EI  (electron impact) elektronütközéses ionizáció - CI (chemical ionization)kémiai ionizáció - FAB (fast atom bombardment) - MALDI (matrix assisted laser desorption ionization) - ESI (electrospray ionization) - APCI (atmospheric pressure chemical ionization) atmoszférikus nyomású kémiai ionizáció - APPI (atmospheric pressure photoionization) atmoszférikus nyomású fotoionizáció Fontosabb analizátortípusok: - kvadrupól analizátor - mágneses analizátor - kétszeres fókuszálású analizátor - ioncsapda - ionciklotron-rezonancia - repülésiidő (TOF, time of flight) analizátor